支払った内容は、e-Govの納付状況にも反映されますか？

いいえ、e-Gov上の納付状況は「未納」のまま更新されません。
本サービスはe-Govの外部で支払い処理を行うため、支払い完了の情報がe-Govのシステムには連携されない仕様となっています。
e-Gov上で「未納」と表示されていても、本サービスの支払履歴で「振込完了」となっていれば、支払いは正常に完了しておりますので、ご安心ください。